内河航运是指在国内比较大的河流中通过水上运输车辆、货物或人员通行。海上运输，是指船舶在海上通过工作人员进行物资、货物的周转工作。尽管都是水上运输的交通工具，但是由于河流和海洋的环境是完全不同的，所以内河航运和海运还是有许多不一样的地方。
1.体积上的区别。海上航程距离较远且风浪大，海运公司船舶设计建造不同吨位比内河船运船舶要大。
2.船舶密度的不同。海洋面积占地球总面积的71％，并且海运路途中不同的船只都有自己的专用线路。而内河航运主要依靠河流，船只主要在河流之间穿梭，并且相对来说内河航运的密度比海运的海大。
3.船舶的底部有设计上的根本区别。海上的水位影响较深，内河的水位深度较浅。在船舶结构底部的设计上，海运船舶的底部是V字形的造型；内河的船底造型是平底造型。
4.船舶高度的区别。 由于河流对船舶宽度的限制，以及河流上的风浪较小，内河航运的船舶在扩大船体的体积时是根据高度增加的，所以一般来说内河船舶的高度较高。
5.船舶操作差异。船舶在海上的转弯范围相对较小，内河弯曲较大，所以内河船舶的转弯半径较小，因此内河船舶在操纵性上比海船灵活，相对速度也较低。
6.河运针对内贸运输，海运针对外贸运输，海上货物运输，需要依法缴纳关税申报并且需要向海关提交申报文件和相关资料。